Central_African_Republic/GS_00J2F5M.1/2024-10-14
C. N. Malaka, O. A. Sibiro Demi, R. C. Sem Ouilibona, E. C. Gonofio, M. C. Garba Ouangole, X. Konamna, J. Ipero, C. G. Lemon, M. Bouhouda, A. V. Bangabele, F. Komoyo, C. Mandro, S. Sankhe, S. Mbaye, M. Kane, M. Dieng, M. M. Diagne, B. Selekon Yalibanda, B. Yap & E. R. Nakoune Yandoko

institut Pasteur de Bangui, Recherche

Submission details

Submission ID
PV710458.1
Date submitted
2026-07-23 05:30:16 UTC
Date released
2026-07-23 05:31:13 UTC

Clade & Lineage

Clade
1VII_A

Sample details

Collection country
Central African Republic
Collection date
2024-10-14
Isolate name
CARDENV124398

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2026-07-21
NCBI update date
2026-07-21

Alignment and QC

Length
10572 (98.4%)
Total ambiguous nucs
4
Total inserted nucs
4
Total SNPs
817
Total unknown nucs
2

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_001477.1 reference

Substitutions

  • T171G
  • T208C
  • T244C
  • T274C
  • G302A
  • C304T
  • T343C
  • G349A
  • A355G
  • A363G
  • C364T
  • A391G
  • T397C
  • C412T
  • G436T
  • C443T
  • C451A
  • G466A
Deletions
N/A
Insertions

ins_10329:WSNN

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_001477.1 reference

Substitutions

2K

  • 2K:M17I

C

  • C:V26G
  • C:G70S
  • C:N90S

E

  • E:D37N
  • E:T88A
  • E:I114L
  • E:T161I
  • E:K203E
  • E:I293T
  • E:S339I
  • E:T346I
  • E:A369T
  • E:A386T
  • E:I436V
  • E:I439V

NS1

  • NS1:S2T
  • NS1:I66V
  • NS1:S94N
  • NS1:I104V
  • NS1:V128I
  • NS1:N139D
  • NS1:N146D
  • NS1:V178M
  • NS1:I251T
  • NS1:T307I
  • NS1:K347R

NS2A

  • NS2A:S7N
  • NS2A:I15V
  • NS2A:I19V
  • NS2A:T44I
  • NS2A:M45T
  • NS2A:K67R
  • NS2A:R82K
  • NS2A:V106I
  • NS2A:A147T
  • NS2A:F159L
  • NS2A:H162D
  • NS2A:I171V
  • NS2A:F178L
  • NS2A:F207Y

NS2B

  • NS2B:E58K
  • NS2B:I106V

NS3

  • NS3:V13A
  • NS3:R15K
  • NS3:E43D
  • NS3:L65V
  • NS3:S88L
  • NS3:N90S
  • NS3:A91T
  • NS3:K107R
  • NS3:A112T
  • NS3:V221I
  • NS3:S250T
  • NS3:K255R
  • NS3:V384I
  • NS3:I474V

NS4A

  • NS4A:Q19L
  • NS4A:R20K
  • NS4A:R76K
  • NS4A:I89M
  • NS4A:A93V
  • NS4A:R125K

NS4B

  • NS4B:A18V
  • NS4B:N22D
  • NS4B:H24Q
  • NS4B:A27T
  • NS4B:H34R
  • NS4B:A163T

NS5

  • NS5:I34T
  • NS5:T59A
  • NS5:Y127H
  • NS5:T135I
  • NS5:K364R
  • NS5:R378K
  • NS5:I541V
  • NS5:N585S
  • NS5:A616V
  • NS5:S629L
  • NS5:K647E
  • NS5:T651V
  • NS5:V686I
  • NS5:V784A
  • NS5:F881Y

prM

  • prM:T59V
  • prM:E72D
  • prM:D89E
Deletions
N/A
Insertions
N/A