GS_00HM0RR.1

Cameroon/GS_00HM0RR.1/2024-11-30
E. N. Semengue, S. C. Djupsa, G. Beloumou, P. P. Tueguem, A. Kengni, N.-K. Etame, C. C. Ambe, A. D. Nka, N. Fainguem, M. Tommo, D. Takou, J. Fokam, G. Schafer, M. Ulinici, B. A. Khan, U. Susnjar & A. Marcello

Chantal Biya Research Center (CIRCB), Virology Laboratory

Submission details

Submission ID
PX710909.1
Submitting group
Date submitted
2026-04-02 04:30:00 UTC
Date released
2026-04-02 04:30:52 UTC

Clade & Lineage

Clade
1III_A.2

Sample details

Collection country
Cameroon
Collection subdivision level 1
Mendong
Collection date
2024-11-30
Isolate name
453Exp-146_CHD

Host

Host

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2026-04-01
NCBI update date
2026-04-01

Alignment and QC

Length
10504 (98%)
Total deleted nucs
21
Total SNPs
838
Total unknown nucs
4

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_001477.1 reference

Substitutions

  • C100T
  • A112G
  • T171G
  • T208C
  • T230A
  • T244C
  • T274C
  • G302A
  • G340A
  • G349A
  • A355G
  • A363G
  • T368C
  • G388A
  • T397C
  • T442C
  • C443T
  • C451A
Deletions

10296-10311, 10318-10322
Insertions
N/A

Amino acid mutations

Mutations called relative to the NC_001477.1 reference

Substitutions

C

  • C:V26G
  • C:L46M
  • C:G70S
  • C:N90S

E

  • E:D37N
  • E:T88A
  • E:I114L
  • E:T161I
  • E:K203E
  • E:I293T
  • E:M297V
  • E:F337I
  • E:S339T
  • E:A369T
  • E:V380I
  • E:A386T
  • E:V428M
  • E:I436V
  • E:I439V

NS1

  • NS1:V93A
  • NS1:S94N
  • NS1:A98T
  • NS1:V128T
  • NS1:N139D
  • NS1:N146D
  • NS1:I162V
  • NS1:V178M
  • NS1:K227R
  • NS1:D278N
  • NS1:T307I
  • NS1:K324R
  • NS1:K347R

NS2A

  • NS2A:I15V
  • NS2A:L41F
  • NS2A:T44I
  • NS2A:A64V
  • NS2A:K67R
  • NS2A:R82K
  • NS2A:V106I
  • NS2A:A147T
  • NS2A:V155I
  • NS2A:F159L
  • NS2A:H162N
  • NS2A:L199F

NS2B

  • NS2B:K55R
  • NS2B:I106V

NS3

  • NS3:E43N
  • NS3:A91T
  • NS3:K107R
  • NS3:A112T
  • NS3:R185K
  • NS3:V221I
  • NS3:Y349H
  • NS3:V384I
  • NS3:V452A

NS4A

  • NS4A:T18M
  • NS4A:Q19L
  • NS4A:R76K
  • NS4A:I89M
  • NS4A:A93V

NS4B

  • NS4B:A18V
  • NS4B:A19V
  • NS4B:A27T
  • NS4B:V31I
  • NS4B:K212R
  • NS4B:R248W

NS5

  • NS5:I34M
  • NS5:L123I
  • NS5:K130R
  • NS5:I181V
  • NS5:V270I
  • NS5:K364R
  • NS5:A365P
  • NS5:R378K
  • NS5:E559Q
  • NS5:N585S
  • NS5:A616V
  • NS5:T635N
  • NS5:P636S
  • NS5:V642A
  • NS5:K647E
  • NS5:T651V
  • NS5:I669T
  • NS5:H797N
  • NS5:F881Y

prM

  • prM:S15T
  • prM:T59A
  • prM:E72D
  • prM:K118R
Deletions
N/A
Insertions
N/A