GS_00H6WDH.1

Australia/GS_00H6WDH.1/2025-01-01
K. Thompson, S. Lyons, K. Malone, J. Fryk, A. T. Pyke, K. Murton, C. Tran, H. Gauld, D. Hamshere, T. Lee, N. Poudel, W. Wang, K. Ignacio, C. Pardo, J. Arikkatt, J. Tickner & G. Hewitson

Public and Environmental Health Reference Laboratories, Public Health Virology

Submission details

Submission ID
PX945874.1
Submitting group
Date submitted
2026-02-27 04:14:07 UTC
Date released
2026-02-27 04:15:01 UTC

Clade & Lineage

Clade
2II_D.4

Sample details

Collection country
Australia
Collection subdivision level 1
Queensland,Townsville
Collection date
2025
Isolate name
QLD_3737S_2025

Host

Host

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2026-02-26
NCBI update date
2026-02-26

Alignment and QC

Length
10466 (92.3%)
Total ambiguous nucs
2
Total SNPs
765
Total unknown nucs
563

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_001474.2 reference

Substitutions

  • A78T
  • A122G
  • C126T
  • G168A
  • A177G
  • G210A
  • A228G
  • C243T
  • G252A
  • A276G
  • G297A
  • T312C
  • T330C
  • T336C
  • T360C
  • T384C
  • T397A
  • G408A
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_001474.2 reference

    Substitutions

    C

  • C:K9R
  • C:S101T
  • C:M104I
  • C:L108M

    • E

  • E:M6I
  • E:Q52H
  • E:E71A
  • E:R120T
  • E:V129I
  • E:H149N
  • E:I164V
  • E:N390S
  • E:A447V
  • E:I462V
  • E:T478S
  • E:I484V

    • NS1

  • NS1:I21V
  • NS1:I96V
  • NS1:T117A
  • NS1:S128L
  • NS1:H129Y
  • NS1:Q131H
  • NS1:K174R
  • NS1:V177L
  • NS1:L247F
  • NS1:I264T
  • NS1:T265A
  • NS1:K272R
  • NS1:D281E

    • NS2A

  • NS2A:V5I
  • NS2A:T25S
  • NS2A:M136I
  • NS2A:T189A

    • NS2B

  • NS2B:L21F
  • NS2B:K60R
  • NS2B:D63E

    • NS3

  • NS3:M13V
  • NS3:N119T
  • NS3:A120T
  • NS3:I140V
  • NS3:A160T
  • NS3:R186K
  • NS3:V273I
  • NS3:I333M
  • NS3:V395I
  • NS3:I461V

    • NS4A

  • NS4A:D23N
  • NS4A:R76K

    • NS4B

  • NS4B:L13F
  • NS4B:A19T
  • NS4B:V48I
  • NS4B:F112L
  • NS4B:T244A

    • NS5

  • NS5:I5T
  • NS5:S15N
  • NS5:M70L
  • NS5:R98K
  • NS5:R246K
  • NS5:Y247H
  • NS5:I271T
  • NS5:V334I
  • NS5:V335I
  • NS5:R430G
  • NS5:E558V
  • NS5:K570Q
  • NS5:G605V
  • NS5:H634Q
  • NS5:I637V
  • NS5:Q644K
  • NS5:N645D
  • NS5:I687V
  • NS5:A865T

    • prM

  • prM:D29N
  • prM:K52N
  • prM:T82A
  • prM:M83T
  • prM:V120A
  • prM:I127V
  • prM:M135I
  • prM:H148Y
  • prM:A152V
  • prM:T162A
    • Deletions
    None
    Insertions
    None